Carlos Eduardo Baptista é marido de Juliana Paes. Os dois se conheceram no Baixo Gávea, reduto boêmio da Zona Sul do Rio de Janeiro, e oficializaram a união em setembro de 2008.
Hoje, o casal tem dois filhos, Antonio e Pedro.Diferente de sua esposa, Carlos Eduardo Baptista não trabalha com a sua imagem. Ele é um empresário, sócio da empresa de marketing esportivo desde 2006. Credenciada da Fifa, sua empresa negocia o passe de jogadores de futebol.