Lisa se casou quatro vezes. A primeira com o músico Danny Keough, com quem ficou de 1988 a 1994. Da relação nasceram dois filhos: a atriz Riley Keough, 33, e Benjamin.
Apenas um mês após a separação, se casou com Michael Jackson. Ela aparece no clipe "You Are Not Alone", em que os dois estão seminus. A união com o cantor durou dois anos.
Lisa também foi casada com o astro Nicolas Cage, mas a relação durou poucos meses. Seu último casamento foi com o guitarrista Michael Lockwood, com quem as gêmeas Harper e Finley, 14. Lisa e Michael se divorciaram em 2016