A microbiota intestinal é influenciada por vários fatores, por isso a disbiose costuma ter origem multifatorial. Uma alimentação com pouca fibra e muito ultraprocessado, açúcar e gordura saturada pode prejudicar a diversidade dos microrganismos intestinais.
O uso frequente ou inadequado de antibióticos também pode alterar a microbiota, já que esses medicamentos atingem bactérias benéficas junto com as que causam infecções.
Estresse prolongado e noites mal dormidas também podem interferir no funcionamento do intestino e na comunicação entre o sistema digestivo e o cérebro.
Além disso, consumo frequente de álcool, tabagismo e algumas doenças intestinais podem contribuir para alterações nesse equilíbrio.