A meningite pode ser causada por bactérias, vírus, fungos e parasitas. As meningites virais e bacterianas são as de maior importância para a saúde pública, devido à possibilidade de causar surtos da doença.
Entre as principais espécies de bactérias associadas à meningite estão Neisseria meningitidis (meningococo), Streptococcus pneumoniae (pneumococo), Haemophilus influenzae, Mycobacterium tuberculosis, Streptococcus sp., Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Treponema pallidum, entre outras.
A meningite viral pode ser causada por Enterovírus não pólio (tais como o vírus Coxsackie e Echovírus), Herpes simplex, Varicela zoster, Epstein-Barr, Citomegalovírus, arbovírus (como dengue, Zika, chikungunya, febre amarela e febre do Nilo Ocidental), sarampo, caxumba, rubéola, adenovírus, entre outros.
Segundo o Ministério da Saúde, a doença também pode ter origem em processos inflamatórios, como câncer (metástases para meninges), lúpus, reação a algumas drogas, traumatismo craniano e cirurgias cerebrais.