Algumas abordagens focadas no eixo intestino-cérebro estão, cada vez mais, sendo testadas para tratar transtornos mentais e gastrointestinais. Elas incluem uso de nutracêuticos (como fibras prebióticas), probióticos e até o transplante de microbiota fecal. Apesar de promissores, esses tratamentos ainda estão em fase inicial de pesquisa
Mudanças no estilo de vida já mostram resultados consideráveis: dietas ricas em vegetais, frutas, grãos, legumes, castanhas e alimentos fermentados promovem um microbioma intestinal saudável. Tais práticas têm potencial preventivo e terapêutico tanto para saúde intestinal quanto mental.