O pimentão verde tende a ser mais indigesto que o amarelo e o vermelho, afinal ele é o menos maduro. Esse desconforto ocorre por causa das sementes, mas pode ser minimizado pela retirada das partes brancas internas.
Também é recomendada a remoção da pele/casca, porém esse processo pode levar à perda de alguns nutrientes presentes nessa parte do alimento. Portanto, quem sente tal incomodo deve consumi-lo cozido, evitando preparos com ele cru.