A varíola dos macacos é principalmente transmitida de animais para pessoas, acontecendo por meio de mordidas de roedores infectados, consumo de carne mal cozida de animais infectados e/ou contato com secreções ou sangue de animais infectados.
No entanto, apesar de mais difícil, é também possível que exista a transmissão desse tipo de varíola de pessoa para pessoa por meio do contato com secreções respiratórias que são liberadas ao tossir ou falar por exemplo, mas para que o vírus consiga ser transmitido dessa forma, é preciso que as pessoas estejam muito próximas durante muito tempo.
Além disso, a transmissão também pode acontecer por meio do contato direto com as secreções das bolhas e feridas causadas pelo vírus da varíola dos macacos, ou por meio do contato com objetos contaminados. A presença de lesões na região genital também parece aumentar o risco de transmissão da varíola dos macacos entre pessoas.