O reconhecimento inicial da doença aconteceu após dois grandes surtos que ocorreram simultaneamente em Marburg e Frankfurt, na Alemanha, e em Belgrado, na Sérvia, em 1967.
O episódio foi associado ao trabalho de laboratório com macacos verdes africanos (Cercopithecus aethiops) importados de Uganda. De acordo com os Centros de Controle e Prevenção de Doenças (CDC), dos Estados Unidos, 31 pessoas ficaram doentes, inicialmente profissionais de laboratório, seguidos por vários médicos e familiares. Sete mortes foram registradas.
Posteriormente, surtos e casos esporádicos foram relatados em Angola, República Democrática do Congo, Quênia, África do Sul (em uma pessoa com histórico de viagem recente ao Zimbábue), Uganda e Gana. Em 2008, dois casos independentes foram relatados em viajantes que visitaram uma caverna habitada por colônias de morcegos Rousettus em Uganda.