Após deixar o trono, dom Pedro I passou um tempo na Inglaterra. Mas voltou a Portugal quando seu irmão dom Miguel tentou ficar com o trono português, que tinha à frente Maria II, filha de dom Pedro.
Os interesses contrários dos dois irmãos deram início à Guerra Civil Portuguesa. As batalhas tomaram os anos de 1833 e 1834. A vitória, ao fim, mesmo com um exército muito menor, foi de dom Pedro. Ele não resistiu, no entanto, à tuberculose, que à época levava à morte. Ele morreu aos 36 anos, em Lisboa.
A seu pedido, o coração ficou na cidade do Porto, na Igreja da Lapa, de onde saiu esta semana para as comemorações do Bicentenário da Independência do Brasil. Curiosamente, na ocasião de seu óbito, a autópsia do cadáver apontava que todos os órgãos do imperador estavam lesionados, inclusive coração, mantido há 187 anos numa solução de formol, que estava hipertrofiado, e o fígado.