As causas exatas do lipedema ainda não são totalmente conhecidas, mas há evidências de que ele tem origem hormonal e genética. Os principais fatores associados são:
Predisposição genética (casos em familiares próximos são comuns);
Alterações hormonais, como as que ocorrem na puberdade, gravidez e menopausa;
Predominância em mulheres (estima-se que mais de 90% dos casos sejam femininos).