Uma das formas de tratar a ceratite é através de diferentes colírios, que variam de acordo com o micro-organismo encontrado no diagnóstico. Para saber o colírio ideal, o paciente precisa de uma boa supervisão médica.
Já nos casos mais graves, pode ser necessário fazer a reticulação da córnea. Esse tratamento consiste em aplicar vitamina B1 associada à radiação ultravioleta, para fortalecer as fibras de colágeno e eliminar o micro-organismo.