Atacante rápido e driblador, Paulo Nunes chegou ao clube por indicação do técnico Luiz Felipe Scolari, com que havia trabalhado no Grêmio antes. No Verdão, ele foi fundamental nas conquistas do final da década de 90.
Ele atuou no clube de 1998 a 1999, época em que o clube conquistou uma Copa do Brasil, uma Copa Mercosul e uma Copa Libertadores da América. No total, foram 133 jogos, com 73 vitórias, 30 empates e 30 derrotas.