O lateral esquerdo Júnior chegou ao Palmeiras em 1996, aos 22 anos, para ser o substituto de Roberto Carlos, recém negociado com a Inter de Milão-ITA. Chegou ao Parque Antártica conquistando, além da titularidade, o Campeonato Paulista de 1996. Ele também brilhou na conquista da Copa Libertadores de 1999. Em cinco temporadas, ele ainda conquistou a Copa do Brasil de 1998; Copa Mercosul de 1998; Torneio Rio-São Paulo de 2000. Por conta das grandes atuações e títulos conquistou, Júnior se tornou um dos grandes ídolos do clube.