Palmeiras: cinco eliminações em 26 participações 1994 - Ceará (B) 2002 - ASA (sem divisão) 2004 - Santo André (B) 2007 - Ipatinga (B) 2021 - CRB (B).
Cruzeiro: seis eliminações em 25 participações 1997 - Santa Cruz (B) 2005 - Paulista (B) 2007 - Brasiliense (B) 2012 - Athletico-PR (B) 2020 - CRB (B) 2021 - Juazeirense (D).
Grêmio: três eliminações em 28* participações 1991 - Criciúma (B) 2006 - 15 de Novembro (sem divisão) 2008 - Atlético-GO (B).
Santos: três eliminações em 19* participações 1999 - Goiás (B) 2006 - Ipatinga (C) 2009 - CSA (D).
São Paulo: três eliminações em 21* participações 1990 - Criciúma (B) 2014- Bragantino (B) 2016 - Juventude (C).
Corinthians: duas eliminações em 26 participações 2017 - Inter (B) 2020 - América-MG (B).
**Clubes ainda disputam a edição de 2021 da Copa do Brasil.