Khalid Sheikh Mohammed é acusado de crimes como conspiração e assassinato. A denúncia relaciona os acusados às mortes de 2.976 pessoas.
Segundo a acusação, Mohammed teria desenvolvido a ideia de utilizar aviões comerciais como armas e apresentado o plano a Osama bin Laden, então líder da al-Qaeda.
O próprio Mohammed já declarou ter planejado a operação do 11 de Setembro "de A até Z".
O processo, entretanto, foi profundamente afetado pelo tratamento recebido pelos acusados durante a chamada "guerra ao terrorismo".
Mohammed passou anos em prisões secretas administradas pela CIA antes de ser levado a Guantánamo. Entre os métodos utilizados nos interrogatórios estavam o chamado waterboarding, uma técnica de afogamento simulado, além de posições de estresse e outras formas de abuso.
Recentemente, um juiz militar decidiu que algumas confissões feitas por Mohammed não poderiam ser utilizadas no julgamento. Segundo a decisão, os relatos foram obtidos em circunstâncias que caracterizavam "extraordinário abuso físico e mental".
A professora de direito internacional Kasey McCall-Smith, da Universidade de Edimburgo, considera que os abusos cometidos contra os acusados ajudaram a tornar o processo tão prolongado.
"Todos os aspectos do caso foram litigados em torno da questão da tortura", afirma.
Ela destaca que os acusados foram submetidos a "anos de abusos", que incluíram a técnica de afogamento simulado (waterboarding) e posições de estresse.