Mas a paisagem nem sempre permaneceu igual. A Lagoa do Portinho passou por períodos de mudanças significativas provocadas pela dinâmica natural das dunas, pelas condições climáticas e por impactos relacionados ao uso da água e da bacia hidrográfica. Em 2015, estudos registraram uma redução extrema do corpo d’água, chegando praticamente à extinção da lagoa naquele período.