O Timão enfrentou dificuldades desde o fim do primeiro tempo, quando Fagner foi expulso após cometer pênalti em Calleri, que Lucas converteu.
O resultado garantiu o Peñarol nas semifinais, onde enfrentará o Botafogo, que eliminou o São Paulo.
A eliminação encerrou uma invencibilidade do Tricolor em casa contra equipes brasileiras na Libertadores, que durava desde 2013.
Agora o Flamengo terá que vencer o Peñarol, na próxima quinta, no estádio Campeón del Siglo, em Montevidéu.
Arrascaeta marcou na segunda etapa e decretou o triunfo do Mengão, que agora enfrentará o Corinthians
O Brasil vive um momento difícil, com três derrotas consecutivas nas Eliminatórias.
Com este resultado, o Vasco chega a oito jogos sem perder, somando compromissos do Campeonato Brasileiro e da Copa do Brasil, com cinco vitórias e três empates.
Com o triunfo, o Corinthians subiu para a 16ª posição, somando 25 pontos, enquanto o Flamengo permanece na 4ª colocação, com 44 pontos.
Flamengo pode ser punido pela Conmebol por descumprimento de regras disciplinares na partida contra o Bolívar, na Libertadores.
O jogão que ocorreu na Fonte Nova neste domingo terminou sem gols para Botafogo e Bahia.
Com a vitória, o Palmeiras ganhou fôlego na briga pelo topo da tabela, enquanto o Cuiabá se complicou, vendo o lanterna Atlético-GO igualar sua pontuação
Com a vitória, o Fortaleza assumiu a liderança do Campeonato Brasileiro, chegando a 45 pontos e ultrapassando o Botafogo
Sob o comando do técnico Tite, o Flamengo abriu o placar ainda no primeiro tempo, com Luiz Araújo. No segundo tempo, Léo Pereira ampliou e garantiu a vitória dos anfitriões.
Agora, o time aguarda a definição de seu próximo adversário, que será decidido por sorteio realizado pela CBF.
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O Atlético-GO, por outro lado, acumula sua décima partida sem vitória e permanece na lanterna do campeonato, com apenas 12 pontos.
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Corte Arbitral do Esporte (CAS) anula processo de Gabigol por falha na intimação da União Federal, revertendo efeito suspensivo e suspendendo o jogador novamente.
Com o resultado, o time piauiense segue na vice-liderança do grupo A2, mas agora depende dos resultados dos jogos de seus adversários