A composição da microbiota não é fixa e pode sofrer alterações de acordo com os hábitos alimentares. Por isso, incluir diferentes fontes de fibras e alimentos fermentados na dieta pode contribuir para uma alimentação mais diversificada.
Ainda assim, os efeitos dos probióticos podem variar de acordo com o alimento, a quantidade consumida e as características de cada pessoa. Uma alimentação equilibrada, portanto, continua sendo um dos principais fatores para a manutenção da saúde digestiva.