Quando o mau hálito persiste, mesmo com cuidados adequados de higiene, outras causas precisam ser consideradas. O refluxo gastroesofágico, por exemplo, ocorre quando o conteúdo do estômago retorna ao esôfago e pode provocar gosto amargo na boca, regurgitação e outros sintomas. Embora possa estar associado a alterações no hálito, a maioria dos casos de halitose tem origem na própria cavidade bucal.
Problemas nas amígdalas, sinusite e outras condições que afetam as vias respiratórias também podem contribuir para o odor desagradável.
Em situações menos comuns, o mau hálito pode estar associado a doenças sistêmicas, como diabetes descompensado e determinadas doenças renais ou hepáticas. No entanto, o mau hálito isoladamente não é suficiente para identificar ou confirmar uma doença grave.