Enquanto os fungos são a principal preocupação em produtos vegetais e lácteos, as bactérias são os principais agentes da deterioração da carne. Sinais de carne estragada incluem textura viscosa, descoloração (verde ou marrom) e odor azedo ou pútrido, causado por cadaverina e putrescina, que podem provocar náuseas, vômitos, cólicas abdominais, dores de cabeça e queda de pressão.
Carnes estragadas podem conter E. coli (toxina Shiga, síndrome hemolítico-urêmica), Campylobacter jejuni (diarreia, síndrome de Guillain-Barré), Salmonella (intoxicação alimentar), Clostridium perfringens (danos às membranas celulares) e Clostridium botulinum (toxina botulínica, altamente letal).
Embora não seja possível eliminar todas as bactérias, quanto mais tempo a carne fica na geladeira, bancada ou sacola, mais elas se multiplicam. O cozimento mata muitas bactérias, mas muitas toxinas bacterianas são resistentes ao calor e podem sobreviver.