Apesar dos benefícios, a introdução ou o aumento abrupto de lentilhas na alimentação pode causar desconfortos gastrointestinais em algumas pessoas, especialmente devido ao elevado teor de fibras. Sintomas como gases e distensão abdominal tendem a ocorrer quando o organismo não está habituado ao consumo frequente.
Deixar a lentilha de molho antes do cozimento ajuda a reduzir compostos que dificultam a digestão e melhora a absorção de nutrientes. Pessoas com síndrome do intestino irritável, colite ou outras condições digestivas devem aumentar a ingestão gradualmente e, se necessário, buscar orientação médica ou nutricional para adaptar as quantidades de forma segura e equilibrada.